Transizione digitale degli ETS: PEC, firma digitale, fatturazione elettronica, conservazione digitale

Guida pratica alla transizione digitale per ETS: PEC, SPID, firma digitale, fatturazione elettronica regime art. 86 CTS, conservazione, delega RUNTS 2026.

📌 Aggiornamenti più recenti

  • Fatturazione elettronica e regime forfettario art. 86 CTS (operativo dal 1° gennaio 2026): le ODV e APS che adottano il regime forfettario, se devono emettere fattura, devono farlo in formato elettronico utilizzando il codice natura N2.2 “non soggette – altri casi”. La Circolare AdE n. 1/E del 19 febbraio 2026 ha chiarito gli aspetti operativi.
  • Delega telematica RUNTS (D.M. MLPS 13 gennaio 2026): in attuazione della modifica dell’art. 47 CTS introdotta dalla L. 104/2024, il legale rappresentante può delegare un commercialista, consulente del lavoro o avvocato a trasmettere telematicamente gli atti al RUNTS (iscrizioni, modifiche, deposito bilanci).
  • Accesso al RUNTS: SPID o CIE sono indispensabili per accedere alla piattaforma; la firma digitale in modalità CAdES è obbligatoria per tutti i documenti depositati; la PEC è il canale ufficiale di comunicazione.
  • Conservazione digitale a norma: per le fatture elettroniche e i documenti fiscalmente rilevanti restano fermi gli obblighi di conservazione decennale secondo le regole dell’Agenzia per l’Italia Digitale (AgID).

La digitalizzazione del Terzo Settore non è più una scelta

Per anni, nel mondo associativo, il digitale è stato considerato un’opzione: chi voleva, si attrezzava; chi non aveva voglia, andava avanti con la carta. Quel tempo è finito. Tra il 2024 e il 2026, una serie di interventi normativi ha reso la digitalizzazione strutturalmente obbligatoria per gli enti del Terzo Settore: accesso al RUNTS solo via SPID/CIE, deposito atti firmati digitalmente, fatturazione elettronica per quasi tutte le situazioni di rilevanza commerciale, comunicazioni via PEC, conservazione digitale.

L’altra faccia della medaglia: la digitalizzazione è anche un’opportunità. La possibilità di delegare il deposito al RUNTS a un commercialista (novità 2026), l’accesso alla precompilata fiscale dei donatori, gli strumenti di gestione associativa online, i bandi PNRR e l’agevolazione 5×1000: tutto questo passa dall’attrezzatura digitale dell’ente.

Questa guida fa il punto, in modo operativo, su cosa serve davvero a un ETS oggi sul fronte digitale, e su come affrontare la transizione senza farsi prendere dal panico ma senza neppure improvvisare.

Gli strumenti digitali essenziali: la “cassetta degli attrezzi”

Prima di tutto, gli strumenti senza i quali un ETS non può più operare in modo ordinato. Sono cinque, e ciascuno ha una funzione precisa.

1. PEC (Posta Elettronica Certificata)

È l’indirizzo ufficiale di posta certificata dell’ente. Ha lo stesso valore legale di una raccomandata con ricevuta di ritorno. Serve per:

  • ricevere comunicazioni dal RUNTS e dalle pubbliche amministrazioni;
  • inviare comunicazioni con valore legale;
  • ricevere notifiche dell’Agenzia delle Entrate, delle Camere di Commercio (per le imprese sociali) e degli enti previdenziali.

Senza PEC attiva, l’ente rischia di non ricevere comunicazioni importanti, con conseguenze potenzialmente gravi: rifiuto automatico di pratiche (es. 5×1000), comunicazioni considerate notificate anche se non ricevute, pratiche bloccate.

💡 Attenzione: la PEC va anche mantenuta attiva nel tempo. Una PEC scaduta o con la casella piena equivale a non averla. Conviene impostare un controllo periodico almeno mensile e tenere monitorata la scadenza dell’abbonamento.

2. SPID o CIE del legale rappresentante

L’accesso al portale del RUNTS e a quasi tutte le piattaforme della pubblica amministrazione passa per due strumenti di identificazione: SPID (Sistema Pubblico di Identità Digitale) o CIE (Carta d’Identità Elettronica). Almeno il legale rappresentante deve possederne uno; idealmente anche altri amministratori abilitati a operare (es. componenti del consiglio direttivo o dell’organo di controllo). Sono strumenti personali, non dell’ente: ciascuno ne ottiene uno a proprio nome.

3. Firma digitale (CAdES) personale

È lo strumento per firmare digitalmente i documenti da depositare al RUNTS, al Registro Imprese (per le imprese sociali) e in tutti i contesti dove serve la firma con valore legale. La modalità richiesta per il RUNTS è CAdES (firma con estensione .p7m).

La firma digitale è personale: chi firma deve essere identificato. Per gli ETS, è necessaria almeno per il legale rappresentante; spesso anche per altri membri (presidente, consiglieri, sindaci) se previsto dalla struttura organizzativa o dagli adempimenti specifici.

Esistono due tipologie:

  • Firma su dispositivo (smart card, token USB): più tradizionale, richiede il lettore;
  • Firma remota: si attiva con SPID o video-identificazione, si usa via OTP. Più comoda, sempre più diffusa.

4. Gestionale e fatturazione elettronica

Per gli ETS che svolgono attività commerciale (anche occasionale, in molti casi), serve un software gestionale di fatturazione elettronica. Le opzioni sono molte: dai software gratuiti dell’Agenzia delle Entrate (semplici ma limitati) a soluzioni più strutturate offerte da provider qualificati o da reti associative. La scelta dipende dal volume di fatture, dalla complessità gestionale e dal budget.

5. Conservazione digitale a norma

Le fatture elettroniche e i documenti fiscalmente rilevanti vanno conservati in formato digitale per dieci anni, secondo le regole tecniche dell’AgID (Agenzia per l’Italia Digitale). La conservazione “a norma” è un servizio specifico, distinto dal semplice archiviare i file su un computer: garantisce immodificabilità, marcatura temporale, accessibilità nel tempo. Si attiva tramite un conservatore accreditato (l’Agenzia delle Entrate offre un servizio gratuito di base, ma molti enti scelgono soluzioni più complete).

La fatturazione elettronica per gli ETS: il quadro post-2026

Dal 1° gennaio 2026, con la piena operatività della riforma fiscale del Terzo Settore (D.L. 84/2025 conv. L. 108/2025), la fatturazione elettronica ha assunto una posizione centrale anche nel mondo associativo. Vediamo i casi principali.

ETS con attività commerciale “ordinaria”

Per gli ETS che svolgono attività commerciale in regime IVA ordinario, l’obbligo di fatturazione elettronica vale come per qualsiasi soggetto IVA: emissione tramite SDI (Sistema di Interscambio), conservazione a norma, gestione delle liquidazioni periodiche.

ODV e APS in regime forfettario art. 86 CTS

È una situazione di grande rilievo pratico, perché il regime forfettario previsto dall’art. 86 CTS per ODV e APS è un’opportunità importante (aliquote dell’1% per ODV e 3% per APS, calcolate su coefficienti di redditività molto bassi).

Anche se l’ente in regime art. 86 è esonerato dall’IVA, deve comunque emettere fattura elettronica se è tenuto a documentare le operazioni (per esempio quando il committente è un soggetto IVA, o quando emette fattura su richiesta).

La fattura va emessa con:

  • codice natura N2.2 “operazioni non soggette – altri casi”;
  • riferimento normativo all’art. 86 del D.Lgs. 117/2017;
  • indicazione della esenzione dall’imposta di bollo prevista per ODV e APS.

Il problema operativo che molti enti stanno incontrando: i software gestionali “standard” non hanno preimpostato il codice natura N2.2 per il regime art. 86. Va creato manualmente, seguendo una procedura semplice ma non immediata.

💡 Consiglio operativo: nel proprio gestionale, creare un codice IVA personalizzato con queste impostazioni: aliquota 0,00%, natura N2.2, riferimento normativo “Operazione effettuata da soggetto appartenente al regime forfettario di cui all’art. 86 del D.Lgs. 117/2017 (Codice del Terzo Settore)”. Impostarlo come predefinito velocizza la compilazione di tutte le fatture successive.

Operazioni di natura istituzionale

Le attività rigorosamente istituzionali (non commerciali) restano fuori dall’obbligo di fatturazione elettronica. La distinzione tra istituzionale e commerciale, dopo la piena operatività della riforma 2026, è una questione tecnica delicata: la Circolare AdE n. 1/E del 19 febbraio 2026 ha fornito chiarimenti puntuali sulla natura commerciale o non commerciale degli ETS che vale la pena studiare con attenzione.

Il deposito al RUNTS: come funziona oggi

Il Registro Unico Nazionale del Terzo Settore (RUNTS) è una piattaforma esclusivamente telematica. Vediamo come si opera.

Accesso

L’accesso avviene attraverso il sito del Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali, con autenticazione SPID o CIE del legale rappresentante (o di un delegato abilitato).

Documenti

Tutti i documenti depositati (atto costitutivo, statuto, bilancio, modifiche statutarie, variazioni cariche sociali) devono essere firmati digitalmente in modalità CAdES. Senza firma digitale, la pratica non viene protocollata.

Procedure tipiche

  • Iscrizione iniziale: deposito atto costitutivo, statuto, indicazione cariche sociali, attestazioni varie;
  • Aggiornamento annuale: deposito del bilancio d’esercizio entro 180 giorni dalla chiusura dell’esercizio (per la maggior parte degli ETS), e del bilancio sociale per chi è obbligato (sopra 1 milione di entrate o per le imprese sociali, senza soglia);
  • Variazioni: ogni modifica statutaria, anagrafica o di cariche sociali va comunicata al RUNTS, con i documenti firmati digitalmente;
  • Conferma annuale: alcuni adempimenti periodici di verifica e conferma dei dati.

La novità 2026: delega telematica al professionista

È una delle novità più utili degli ultimi mesi. Il D.M. MLPS del 13 gennaio 2026 ha attuato la modifica dell’art. 47 CTS introdotta dalla L. 104/2024, formalizzando la delega telematica.

Il legale rappresentante dell’ETS può adesso delegare un commercialista, un consulente del lavoro o un avvocato a trasmettere telematicamente al RUNTS gli atti (iscrizioni, variazioni, deposito bilanci). È una semplificazione di grande portata pratica per:

  • gli enti che non hanno una struttura amministrativa interna in grado di seguire le procedure;
  • chi vuole evitare di acquisire personalmente la firma digitale (se la delega copre questi atti);
  • gli enti che operano in territori dove il rapporto con il RUNTS richiede competenze specifiche.

💡 Punto chiave: anche con la delega, il legale rappresentante mantiene la responsabilità del contenuto degli atti. Il professionista esegue l’invio telematico, ma la sostanza degli atti (correttezza dei dati, coerenza con lo statuto, rispetto delle norme) resta in capo all’ente. La delega semplifica l’aspetto operativo, non solleva dagli obblighi sostanziali.

La conservazione digitale a norma: l’adempimento più trascurato

È l’adempimento di cui molti ETS si dimenticano, salvo poi accorgersene al primo controllo. Le fatture elettroniche (sia emesse sia ricevute) e i documenti fiscalmente rilevanti devono essere conservati per dieci anni in formato digitale, secondo le regole AgID.

La conservazione “a norma” non è semplice archiviazione:

  • richiede un conservatore accreditato o l’autoconservazione con strumenti certificati;
  • prevede marcatura temporale, firma del responsabile della conservazione, impronte digitali dei documenti;
  • garantisce immodificabilità e accessibilità nel tempo;
  • comporta la redazione di un manuale della conservazione.

Le opzioni più diffuse per gli ETS:

  • Servizio gratuito dell’Agenzia delle Entrate: copre solo le fatture elettroniche emesse e ricevute tramite SDI, con limiti operativi. Va attivata l’adesione esplicita al servizio dal portale Fatture e Corrispettivi;
  • Conservatore privato accreditato: copre più tipologie documentali (anche oltre le fatture), gestione professionale, costi più elevati ma maggiore tranquillità.

💡 Attenzione: l’attivazione del servizio gratuito dell’AdE non è automatica. Va aderito esplicitamente, indicando l’opzione nel portale. Molti ETS scoprono di non aver mai aderito quando hanno bisogno di esibire le fatture conservate, e a quel punto la conservazione non c’è stata.

Bandi PNRR e digitale: opportunità per gli ETS

Il PNRR (Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza) ha messo a disposizione del Terzo Settore risorse significative, parte delle quali sono passate o passano attraverso bandi che richiedono competenze digitali strutturate per accedervi.

Le principali aree di intervento che riguardano gli ETS:

  • Inclusione e coesione (missione 5): bandi per progetti di rigenerazione urbana, inclusione sociale, contrasto alla povertà, dove molti ETS sono soggetti attuatori in convenzione con enti locali;
  • Sport e inclusione (sotto-componenti): risorse per impianti sportivi anche dilettantistici;
  • Cultura e turismo (missione 1): bandi che vedono protagoniste APS culturali, ETS che gestiscono beni culturali;
  • Salute (missione 6): progetti sociosanitari e di prossimità con cooperative sociali e ETS.

Tutti questi bandi richiedono:

  • una gestione digitale dei progetti (rendicontazione online, tracciabilità delle spese);
  • presenza di PEC funzionante;
  • competenze di gestione documentale digitale;
  • spesso, l’utilizzo di piattaforme dedicate (es. ReGiS per il PNRR);
  • iscrizione e profilatura su portali specifici.

Per gli ETS strutturati può essere il momento giusto per investire in un sistema gestionale interno o in una collaborazione con consulenti per gestire la parte amministrativa dei progetti.

Casi pratici risolti

Caso 1 – Piccola APS che si avvicina al digitale

Situazione: una APS culturale con 80 soci, gestita finora con carta e fogli Excel, deve mettersi a norma sul fronte digitale per operare con il RUNTS e per emettere alcune fatture occasionali.

Analisi: priorità per la APS sono attivare una PEC (costo annuo molto basso), assicurarsi che il presidente abbia SPID e firma digitale (anche remota, per facilità), aprire un’aderenza al servizio gratuito di conservazione dell’AdE. Se sceglie il regime art. 86, va impostato il codice N2.2 nel gestionale di fatturazione. Investimento iniziale modesto, ma indispensabile per non incorrere in problemi.

Caso 2 – APS in regime art. 86 che emette le prime fatture elettroniche

Situazione: una APS sportiva passa nel 2026 al regime forfettario art. 86. Deve emettere alcune fatture per servizi rivolti a esterni (sponsorizzazioni, corsi a non-soci).

Analisi: pur essendo in regime forfettario ed esonerata dall’IVA, l’APS deve emettere fattura elettronica ogni volta che è tenuta o richiesta a documentare l’operazione. Va impostato il codice natura N2.2 nel gestionale, va inserito il riferimento normativo all’art. 86, e va annotata l’esenzione dall’imposta di bollo. Importante anche la conservazione digitale di queste fatture: pratiche o sanzioni potrebbero arrivare anche a distanza di anni.

Caso 3 – Fondazione che vuole delegare il deposito RUNTS

Situazione: una Fondazione ETS, senza personale amministrativo dedicato, vuole affidare al proprio commercialista la gestione dei depositi al RUNTS (variazioni cariche, bilancio annuale).

Analisi: grazie al D.M. MLPS 13 gennaio 2026, la Fondazione può formalizzare la delega telematica al commercialista. Il legale rappresentante mantiene la responsabilità del contenuto degli atti, ma l’invio telematico è gestito dal professionista. Va comunque verificato che il commercialista sia abilitato e familiare con il portale RUNTS. È una soluzione che semplifica enormemente la gestione amministrativa.

Caso 4 – Cooperativa sociale e PNRR

Situazione: una cooperativa sociale ha vinto un bando PNRR per un progetto di inclusione sociale, del valore di 300.000 euro, in attuazione con il Comune.

Analisi: il bando comporta rendicontazione su piattaforma ReGiS, gestione documentale digitale rigorosa (tracciabilità, marcatura temporale, impronte), interazione con il Comune via PEC, firma digitale di tutti gli atti progettuali. La cooperativa deve attrezzarsi con un sistema interno strutturato (o avvalersi di consulenti) per non rischiare di perdere il finanziamento per inadempienze procedurali. È un caso in cui la digitalizzazione non è solo un adempimento, ma una condizione di sopravvivenza del progetto stesso.

Le 4 domande operative più frequenti

La mia piccola associazione ha bisogno della firma digitale?

Sì, almeno quella del legale rappresentante. Senza firma digitale non si possono depositare atti al RUNTS (iscrizione, modifiche, bilancio): la pratica viene rifiutata. Anche altri amministratori (consiglieri, sindaci) possono averne bisogno per atti specifici. È un investimento contenuto (costo annuo o una tantum modesto, da poche decine di euro per la remota a un centinaio per i dispositivi) e ineludibile.

Sono in regime art. 86: devo davvero emettere fattura elettronica?

Dipende dalle operazioni che fai. Se sei esonerato dall’IVA ma sei tenuto a documentare l’operazione (per esempio quando il committente è un soggetto IVA o richiede esplicitamente la fattura), allora sì, devi emettere fattura elettronica con codice natura N2.2 e riferimento all’art. 86 CTS. La Circolare AdE 1/2026 ha chiarito questo punto. In molti casi, gli ETS in regime art. 86 emettono comunque fatture per ragioni di trasparenza con clienti e fornitori.

Come funziona la conservazione gratuita dell’Agenzia delle Entrate?

L’Agenzia delle Entrate offre un servizio gratuito di conservazione delle fatture elettroniche emesse e ricevute tramite SDI. L’adesione non è automatica: va attivata esplicitamente dal portale Fatture e Corrispettivi, accettando le condizioni. Una volta attivata, le fatture transitate per SDI vengono conservate automaticamente per 15 anni nel deposito digitale dell’AdE. Limiti: copre solo le fatture elettroniche, non altri documenti (es. ricevute, fatture analogiche convertite). Per chi ha bisogno di una conservazione più ampia, conviene un conservatore privato accreditato.

Posso delegare il commercialista al deposito al RUNTS?

Sì, dal 2026 è possibile in modo formalizzato. Il D.M. MLPS 13 gennaio 2026 ha attuato la delega telematica prevista dalla L. 104/2024 con modifica all’art. 47 CTS. Puoi delegare un commercialista, un consulente del lavoro o un avvocato a trasmettere telematicamente gli atti al RUNTS. La delega va formalizzata secondo le modalità previste. Ricorda: la delega riguarda l’invio telematico, non solleva l’ente dalla responsabilità del contenuto degli atti.

Riferimenti normativi e di prassi essenziali

  • D.Lgs. 117/2017 (CTS), art. 47: deposito atti al RUNTS, come modificato dalla L. 104/2024 (delega telematica)
  • D.Lgs. 117/2017 (CTS), art. 86: regime forfettario per le attività commerciali di ODV e APS
  • D.M. MLPS 13 gennaio 2026: attuazione della delega telematica al deposito RUNTS
  • D.L. 17 giugno 2025 n. 84 conv. L. 108/2025: piena operatività della riforma fiscale del Terzo Settore dal 1° gennaio 2026
  • Circolare AdE n. 1/E del 19 febbraio 2026: chiarimenti sulla fiscalità ETS post-2026, inclusa la fatturazione elettronica in regime art. 86
  • D.M. MLPS 15 settembre 2020 n. 106: regole tecniche RUNTS
  • D.Lgs. 82/2005 (Codice dell’Amministrazione Digitale): PEC, firma digitale, conservazione, identità digitale
  • Regolamento eIDAS (UE) 910/2014: firma elettronica qualificata
  • Linee Guida AgID sulla conservazione dei documenti digitali

Hai bisogno di mettere il tuo ETS in regola sul digitale?

La transizione digitale è uno di quei terreni dove i piccoli investimenti fatti per tempo evitano grandi problemi successivi. PEC funzionante, firma digitale del legale rappresentante, conservazione attiva, gestionale di fatturazione elettronica impostato correttamente: sono i pilastri minimi per operare oggi come ETS. E con la delega telematica al professionista introdotta nel 2026, molti adempimenti tecnici si possono affidare a un consulente. Se vuoi capire qual è la situazione del tuo ente, quali strumenti ti servono davvero e come impostare la fatturazione elettronica in regime art. 86 senza errori, scrivimi: facciamo un audit digitale del tuo ETS e definiamo i passi concreti da fare.

Scrivimi per un confronto: alessiocipollone@hotmail.com – oppure su WhatsApp.


Il tuo ETS è attrezzato per il digitale o c’è ancora molto da fare? Lascia un commento qui sotto con la tua esperienza o le tue domande, e condividi l’articolo con chi nel tuo ente si occupa di amministrazione: la transizione digitale è ormai una questione di sopravvivenza ordinaria, non di “modernizzazione” facoltativa.

Alessio Cipollone
Alessio Cipollone

Sono un dottore commercialista appassionato di nuove tecnologie ed offro consulenza a liberi professionisti, imprenditori e società. Il mio lavoro non consiste solo nel gestire la contabilità e redigere le dichiarazioni dei redditi ma soprattutto prestare assistenza e fornire una soluzione ai problemi e ai dubbi che possono sorgere nell’amministrazione di un'azienda. Il mio intento è quello di aiutare coloro che vogliono intraprendere nuove attività imprenditoriali con entusiasmo e passione, la stessa che dedico al mio lavoro.

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